Wesentliches Element der Plattform ALICE für die Erarbeitung der Inhalte sind die Arbeitsgruppen (Working Groups). Die Arbeitsgruppen sind für die inhaltliche Ausrichtung und Erstellung der  strategische Forschungs- und Innovationsagenden verantwortlich  und legen somit die Forschung und Innovation Roadmaps für Logistik und Supply Chain Management fest. Die Ergebnisse der Arbeitsgruppen werden von der Lenkungsgruppe (Steering Group) freigegeben.    

Die ersten definierten Arbeitsgruppen sind:  

1. Sustainable, Safe and Secure Supply Chains.
2. Corridors, Hubs and Synchromodality.
3. Information Systems for Interconnected Logistics
4. Supply Chain Coordination and Collaboration
5. Urban logistics  

Die Mitglieder der Working Groups treffen sich zweimal jährlich (Dauer 1-2 Tage), wobei angestrebt wird alle fünf Arbeitsgruppen an einem Termin/Ort abzuhalten. Dies soll den Besuch mehrerer Arbeitsgruppen zu ermöglich und den Austausch mit anderen Arbeitsgruppenteilnehmern zu fördern. Folgend sind die derzeit gesetzten Themenschwerpunkte je Working Group kurz zusammengefasst: